L'origine de la commune semble tirer son nom de la terre de Halloy que Robert de Hétomesnil avait donné à l'abbaye de Lannoy vers 1146.
L'abbaye de Lannoy avait ensuite crée le village en y installant des métayers et en leur accordant certains privilèges. A la fin du XIIIème- début du XIVème siècle, l'abbé Jean II (1280-1309) y fit construire une église et obtint en 1307 son élévation à la qualité d'église paroissiale.
A la fin du XVIIIème siècle la commune s'est successivement appelée Halloy puis Hallois en 1801, avant de reprendre son orthographe actuelle de Halloy.
source : Louis Eudore Deladreue, « Histoire de l'abbaye de Lannoy (ordre de Citeaux) », Mémoires de la société académique d'archéologie, sciences & arts du département de l'Oise